Что бы изменить местоположение загрузок перейдите:
Пункт главного меню «Настройки» (Options) > «Настройки программы» (Preferences) и выберите вкладку «Папки» (Directories) из списка слева.
Вы увидите опции, где можно изменить различные параметры, такие как местоположение ваших завершенных закачек, а та же сможете установить например другое местоположение для не завершенных закачек, что бы не мешались, так же можно изменить местоположение .torrent файлов.